נעוריו ונישואיו
רבינו נולד בפינצ'וב שבפולין בשנת ה'תנ"ד לאביו רבי נתן נטע, שלימים היה רבה של העיר אייבשיץ, והוכתר בילדותו בשם 'העילוי מפינצ'וב', ולאמו מרת שיינדל מהעיר פינצ'וב. שני הוריו נפטרו טרום מלאת לבנם חמש עשרה שנים.לאחר פטירת אביו בי"ב בחשוון ה'תס"ח, נותר ללא אב ואם, ועבר לחיות בפרוסניץ' שבה גדל בבית רבי מאיר איזנשטט - המהר"ם א"ש, שכיהן אז כרבה של העיר. הוא החשיב את רבו זה לרבו הראשון ו'אלוף נעוריו'. רבו אף הוא השיב לו אהבה וחלק לו כבוד רב, בהיותו בפרוסניץ למד גם בישיבתו של רבי זאב וולף שפירא (שלימים שידך לו את נכדתו).
בשנת ה'תס"ט, בעקבות מינויו של מהר"ם א"ש כרבה של שידלובצה וחזרתו לפולין, נסע אייבשיץ הצעיר להאלישוי ללמוד בישיבתו של קרוב משפחתו, רבי אליעזר הלוי איטינגא, שכיהן כאב בית דין העיר. משם עבר לווינה והתגורר בבית הגביר ר' שמשון ורטהיימר.
בשנת ה'ת"ע נשא לאשה את בתו של רבי משה יצחק שפירא שכיהן אז כאב בית הדין העיר בומסלא בבוהמיה, ולימים נעשה רבה של בוהמיה כולה. עם נישואיו נעשה ר' יהונתן קרוב משפחתם של כמה מגדולי דורו: חמיו היה אחיינו של רבי אליהו שפירא (האליה רבה); וחמותו, אחייניתם של רבי יעקב ריישר (השבות יעקב) ורבי דוד אופנהיים, רבן של ניקלשבורג ופראג (מנישואיו השניים).
בהיותו בן 18, התמנה לרב בקהילת יונגבונצלוי, שם כיהן שלש שנים.
♦
תקופת פראג
לאחר נישואיו התגורר זמן מה אצל חמיו ועשה אצלו שימוש חכמים בהוראת הלכות איסור והיתר, וזמן קצר לאחר מכן התיישב בפראג, בבית סב אשתו, רבי אהרן יחיאל מיכל שפירא. הוא נשא ונתן עם גדולי התורה בפראג, קרובי משפחתו ואחרים, וקיבל תורה מתלמידי רבי אברהם ברודא, שעזב שנים אחדות קודם לכן את פראג לטובת מץ בשל מחלוקת הלכתית עם חכמי העיר, אך הותיר אחריו ישיבה גדולה ותלמידים כמו רבי יונה לנדסופר ורבי נתנאל וייל. בעקבות לימודו עם תלמידים אלו, ראה רבי יהונתן את עצמו כתלמידו של רבי אברהם ברודא.בשנים ה'תע"ג-ה'תע"ד עשו בני הזוג אייבשיץ בהמבורג. בתקופה זו התגוררו בבית ר' מרדכי הכהן, אבי חמותו.
בשנת ה'תע"ד שב לפראג, ועד מהרה התגבשה סביבו קבוצת למדנים צעירים שזכתה לתמיכה כלכלית מכמה מראשי ומנהיגי הקהילה. מאז ועד סוף ימיו עמד רבי יהונתן אייבשיץ, בכל ערי מגוריו, בראש ישיבה והעביר בה שיעורים קבועים.
קצת לפני סוף השנה העברית (כ' באלול ה'תע"ד) נפטר בפראג רבי שמעון ריישר, בן דוד חמותו של הרב אייבשיץ, שהיה הדרשן הממונה של קהילת פראג. הרב אייבשיץ, שהתגלה מאז בואו לפראג כדרשן מוכשר, נבחר למלא את מקומו, וכפי שהיה מקובל עד אז בפראג, נשא הדרשן גם במשרת ראש הישיבה הגדולה המקומית. בתפקידיו אלו נשא כחצי יובל. בתקופה זו הוא היה למקור סמכות בקהילה, שני רק לרב המקומי, רבי דוד אופנהיים. בערב יום הכיפורים של שנת ה'תפ"ו הכריז על חרם נגד גרעינים שבתאיים נסתרים וגלויים, שלפי השמועה החלו להתפשט באירופה למרות התאסלמותו ומותו של שבתי צבי, כיובל שנים קודם לכן. הוא חתום על כתב החרם בראש רבני ופרנסי הקהילה בפראג, בשל העדרו מן העיר של אב בית דין פראג, הרב אופנהיים. עם פטירתו של האחרון (ז' בתשרי ה'תצ"ז) היה לממלא מקום אב בית דין פראג. בתקופה זו התפרנס מעסקאות שעשה.
בשנת ה'תק"א, לאחר שהצרפתים כבשו את פראג, נבחר לכהן כרבה של העיר מץ בצרפת. במץ דרשה ממנו עבודתו הציבורית זמן מועט בהרבה מאשר בפראג, והוא הקדיש את הזמן שהתפנה לו להעלאת חידושי תורתו על הכתב. הוא הכין לדפוס בתקופה זו את ספריו כרתי ופלתי ובני אהובה.
בתקופת מץ זיהה שהמניע לעזיבת הדת בקרב רבים מיהודי האזור לא נבע במישרין מקעקוע יסודות הדת, אלא מהיסחפות בזרם החיים ובורות באשר לדרישות ההלכה. לשם כך, בצעד חריג עבור רב במעמדו, כתב קיצור הלכות שבת ביידיש, כדי להפיץ את תודעת ההלכה גם בקרב מי שהשכלתם לא אפשרה להם קריאה והבנה בעברית.
במשך שנות ישיבתו במץ בדק רבי יהונתן את האפשרות לקבל משרת רבנות בעיר שיש בה בית דפוס' כדי שיוכל לטפל בהדפסת כתביו המוכנים לדפוס. משכך השיג מינוי כזה בקהילת פיורדא, אך אנשי קהילת מץ הצליחו לעכב אותו ובהמשך להניא אותו מתוכניתו. הוא נותר בעיר עוד ארבע שנים, עד שנקרא לכהן כרבן של קהילות אה"ו - יהודי העיר המבורג והעיירות אלטונה וואנדסבק הסמוכות לה, שלימים היו לשכונות בעיר.
♦
רבנות קהילות אה"ו
בשנת ה'תק"י, לאחר פטירתו של רבי יחזקאל קצינאלפוגין (הכנסת יחזקאל), נבחר לכהן כרבן של קהילות אה"ו. רבנות זו נחשבה אז לאחת המשרות החשובות והמכובדות ביותר ביהדות אשכנז.קמעות שחילק זמן קצר לאחר בואו לאלטונה ליולדות, בשל אחוזי תמותה גבוהים באופן חריג, נפתחו בידי אנשים בקהילה, וכמה מהם הגיעו לידיו של רבי יעקב עמדין (היעב"ץ) שהתגורר אז כאדם פרטי באלטונה ולא נשא במשרה רבנית. הרב עמדין, בעל השכלה תורנית רחבה והבנה גם בתורת הנסתר, חשד שנוסח הקמעות מראה על אמונה שבתאית של כותבם, והחל מנהל מאבק להוקעתו של הרב אייבשיץ. המאבק היה למחלוקת שהתפשטה ברחבי אשכנז ויהדות פולין וארכה שנים.
חמש שנותיו הראשונות של רבי יהונתן אייבשיץ באה"ו עמדו בצל המאבק נגדו. למרות המאבק, הוא המשיך להעביר את שיעוריו בבית המדרש המקומי, ואף יסד 'קלויז' שבו ישבו בקביעות חמישה תלמידי חכמים נשואים שלימדו את קהל הלומדים והתפרנסו מקופה מיוחדת שהקים עבורם. הוא גם קיבל הזמנות לרבנות בקהילות חשובות כמו קראקא, ניקלשבורג ומוראביה, אך דחה אותן ונשאר באה"ו. במהלך השנים התדרדר מעמדו והוא התקשה להטיל את מרותו על חלק מבני הקהילה. כדי לייצב את עמדתו הרבנית, אסף מכתבי תמיכה מגדולי רבני אירופה וראשי הקהילות החשובות והדפיסם בקובץ בשם לוחות עדות (אלטונה תקט"ו). המהלך ייצב את מעמדו והמחלוקת דעכה, אף כי לא שככה לגמרי.
♦
פטירתו
בשנת ה'תקכ"ג הוא הספיק להדפיס את הכרך הראשון של ספרו כרתי ופלתי על יורה דעה, וזמן מה לאחר שהודפס הספר, נפטר בכ"א באלול ה'תקכ"ד, והובא למנוחות בבית הקברות היהודי באלטונה.על מצבת קברו נחקקו לבקשתו דברי מוסר באקרוסטיכון שמו "יהונתן ז"ל":
יראו כל עובר הֶחָרוּת על הלוחות.
האיש אשר עמד לנס והיה כשושן פורחת.
ושב אל עפר ומראהו מאיש נשחת.
נא שימו על לב ושובו בתשובה נוצחת.
תפילה תרבו בעדו לֶאֱלֹקֵי הרוחות.
נפשו אליו יאסוף ובל תהיה נדחת.
זכות מעשיכם יָגֹנּוּ כי נפשות ישראל אחת.
למדו מוסר לשנוא כבוד ומגדולה תהיה נפשכם בורחת.
♦
מספריו וכתביו
רבי יהונתן אייבשיץ כתב עשרות ספרים בנושאי הלכה, פרשנות, אגדה וקבלה, אך רק ספרו כרתי ופלתי נדפס בחייו (אלטונה תקכ"ג). בשנים שלאחר פטירתו נדפסו הספרים שהכין בעצמו לדפוס, ואחריהם במשך למעלה מ-250 השנים שחלפו מאז פטירתו נדפסו רוב כתביו. כתבים בודדים שלו ובעיקר רשימות מחידושיו שכתבו תלמידיו לא נדפסו, והם מתפרסמים מעת לעת בכתבי עת תורניים. כל ספריו זכו למהדורות רבות, והם שבים ונדפסים גם בדורנו אנו במהדורות פאר מוערות.ספרים שהכין לדפוס בעצמו:
כרתי ופלתי על שולחן ערוך יורה דעה (אלטונה תקכ"ג). בשנת תקל"ג בקרלסרוהה יצא לאור שוב בתוספת "חדושי הלכות נדה – תפארת ישראל".
תרי"ג מצוות, מנין המצוות לשיטת הרמב"ם, הרמב"ן והסמ"ג עם השגות הראב"ד, בדרך שיר וחרוזים (פראג תקכ"ה).
אהבת יהונתן, על ההפטרות (המבורג תקכ"ו). לספר זה נספח החיבור אלון בכות על מגילת איכה.
אורים ותומים על שולחן ערוך חושן משפט, בשני חלקים (קרלסרוהה תקל"ה-תקל"ז). ספר זה שימש רבות את בעל נתיבות המשפט בחיבורו.
יערות דבש – דרשות ותוכחות מוסר, בשני חלקים (קרלסרוהה תקל"ט-תקמ"ב)
קשת יהונתן עם חצי יהונתן, דרושים, הספדים ופלפולים בסוגיות. לבוב תקמ"ד.
בינה לעתים, על הלכות יום טוב במשנה תורה לרמב"ם (וינה תקנ"ז).
המדע, על הלכות ריבית (פראג תקע"א).
בני אהובה, על ספר נשים במשנה תורה לרמב"ם (פראג תקע"ט).
כתבים אחרים:
תפארת יהונתן, על התורה, אוסטרהא תקפ"ה.
ישועה גדולה, פירוש על מגילת אסתר מלוקט מדרושי פורים שבספרו יערות דבש, ורשה תרכ"ד.
מאמר יהונתן באור על דרך פרד"ס על הפיוט חד גדיא, למברג ה'תרכ"ב.
באור על הגדה של פסח, לונדון תרל"ז.
מטה יהונתן, הערות על שולחן ערוך יורה דעה, נדפסו על גיליונות השולחן ערוך בדפוס ראם החל ממהדורת תר"ם.
צפיחת הדבש, דברי חריפות ובקיאות על התורה, מונקאטש תרמ"ז.
מטה יונתן – על הלכות פסח, פאקש תרנ"א.
שם עולם, אגרות ותשובות בחקירה אלוקית ובחכמת הקבלה, וינה תרנ"א.
חסדי יהונתן, חידושים ודרושים על ש"ס ומדרשים, פיעטרקוב תרנ"ז.
מתוק מדבש, חידושים על הלכות שבת, פאקש תרנ"ט.
גבורת יהונתן, י"ח פלפולים בסוגיות הש"ס וג' דרושים, ורשה תרס"א.
דעת יהונתן, חידושים על מסכת עבודה זרה, ורשה תרס"א.
ברכת יהונתן, על הלכות ברכות הנהנין (סימן קסו-ריא), ורשה תרס"ב.
דברי יהונתן, חידושים על התורה ועל מדרשים, פודגורזה תרס"ג.
כתבים שנותרו בכתב-יד:
אוצר חכמה ביאור על ספר יצירה
בינה לעיתים על כל שולחן ערוך אורח חיים
ביאור על חכמת העיבור והלכות קידוש החודש לרמב"ם
ביאור על ספר ירמיה
ביאור על ספר איוב
ספר מירב (יש לציין כי השרידים שנותרו בידינו, נדפסו לאחרונה בקובץ מכילתא, גיליון ה[1]).
בהתייחס לחידו"ת אלו על מסכת ע"ז, שנכתבו על ידי תלמידו הרב חיים קעסלין, שהיה מחותנו של הגאון רבי עקיבא אייגר. מילתנו אמורה בחלקים הקודמים של חיבור זה (שפורסמו בירחון האוצר ובקובץ הכתר) אודות הרב הכותב רח"ק זצ"ל. ובהשוואה לחיבורו של רבינו דעת יהונתן על מסכת ע"ז. יש לציין כי חיבור זה מתחיל מפרק שני, בעוד שחיבורנו מתחיל מריש המסכתא. אם יזכנו ה', נברר את ההשוואה בין חידושי רבינו מכת"י לשיעוריו אלו.
♦ ♦ ♦